Depuis le 15e siècle, l’hospice de Santa Maria Nuova (ne confondez pas avec Santa Maria Novella) cultivait les plantes médicinales dans un petit jardin attenant. Au milieu du 17e siècle, fut réalisé le premier inventaire des plantes du jardin.
Au 18e siècle, Sebastiano Franchi, Niccolò Gualtieri et Gaetano Moniglia donnèrent un formidable essor à ce jardin, auquel contribua Giovanni Lapi à l’école de Médecine et de pharmacie. Mais à la fin du 18e siècle commença un long déclin, jusqu’à la disparition du jardin.